پس از اینکه جعفر میلی‌منفرد گزینه اول دولت برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به دلیل فعالیت‌هایش در فتنه 88 با رای منفی نمایندگان مجلس مواجه شد، رئیس جمهور در 26 مردادماه جعفر توفیقی را که مسئول کارگروه آموزش عالی رئیس‌جمهور بود را به عنوان سرپرست وزارت علوم به مجلس معرفی کرد. سرپرستی که به گفته خودش گزینه قطعی برای تصدی وزارت علوم خواهد بود و همه اختیارات یک وزیر را دارد.
توفیقی همانند بسیاری از وزرا دست به تغییر مدیران عالی وزارت علوم زد و انتصابات خود را یک هفته پس از قبول مسئولیت آغاز کرد.
سرپرست وزارت علوم در اولین اقدامش در تاریخ دوم شهریورماه عبدالحسین فریدون را به جای رسول ملک‌فر به عنوان مشاور و مدیرکل دفتر وزارتی این وزارتخانه منصوب کرد.
4 روز پس از آن با برکناری متکان، محمدحسین امید با حکم توفیقی، معاون اداری-مالی وزارت علوم شد.
علیرضا کریمیان مدیرکل روابط‌عمومی وزارت علوم در دولت دهم نیز استعفا داد و توفیقی مهدخت بروجردی را به عنوان مدیرکل جدید روابط‌عمومی این وزارتخانه منصوب کرد. وی در دولت هشتم نیز این مسئولیت را در وزارت علوم بر عهده داشت.
اما تغییر روسای دانشگاه‌ها در وزارت علوم دولت یازدهم با تغییر بی سر و صدای رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان کلید خورد و محمداسماعیل همدانی‌گلشن جای خود را به سید محمود مدرس هاشمی داد.
نکته جالب این تغییر این بود که وی در اولین نشست روسای دانشگاه‌ها که با حضور توفیقی در هفتم مهرماه برگزار شد، در حالی حاضر شد که هنوز خبری از تغییر رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان منتشر نشده بود.
عزل ناگهانی محمد مهدی‌نژاد نوری معاون علمی پژوهشی وزارت علوم در روز 4 مهر از دیگر انتصابات این وزارتخانه بود که طی آن وحید احمدی از اساتید دانشگاه تربیت‌مدرس به جای مهدی‌نژاد نوری منصوب شد.
اما شاید یکی از پرحاشیه‌ترین تغییرات که هنوز هم هر از چند گاهی خبرساز است، اقدام توفیقی در برکناری حجت‌الاسلام سیدصدرالدین شریعتی از ریاست دانشگاه علامه طباطبایی و انتصاب حسین سلیمی به عنون سرپرست جدید این دانشگاه بود که در روز 11 مهرماه همانند برخی دیگر از تغییرات توفیقی در روز پنجشنبه رقم خورد.
توفیقی در 13 مهرماه سعدالله نصیری قیداری را به عنوان معاون امور حقوقی و مجلس وزارت علوم معرفی کرد.
پس از برکناری رئیس دانشگاه علامه‌طباطبایی، این بار نوبت دانشگاه‌های یاسوج و علوم اقتصادی بود که با روسای جدید خود آشنا شوند و سرپرست وزارت علوم بیست و دوم مهرماه شاپور رمضانی و محمد‌رضا منجذب را به عنوان سرپرستان جدید دانشگاه‌های یاسوج و علوم اقتصادی منصوب کرد.
با وجود اینکه توفیقی در تلاش بود رئیس دانشگاه خواجه نصیرالدین طوسی را نیز برکنار کند اما این امر در زمان سرپرستی وی رخ نداد.
از دیگر اقدامات توفیقی تعیین کارگروهی برای رسیدگی به شکایات دانشجویان ستاره‌دار بود که به گفته خودش حدود 400 دانشجوی بازمانده از تحصیل از سال‌های 90، 91 و 92 بار دیگر تحصیلات خود را در دانشگاه آغاز کردند.
پس از اینکه رایزنی‌های توفیقی در مجلس به نتیجه دلچسبی برای دولتیان منجر نشد، رئیس‌جمهور در واپسین ساعات روز 27 مهرماه رضا فرجی‌دانا را به جای جعفر توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم معرفی کرد و به سرپرستی 61 روزه توفیقی بر وزارت علوم پایان داد.
فرجی‌دانا که پس از استعفای مصطفی معین در اواخر کار دولت دوم خاتمی برای تصدی سمت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس ششم معرفی شد و نتوانست رای اعتماد کسب کند، اما این بار با 159 رای موافق از مجموع 261 رای در پنجم آبان‌ماه به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری دولت یازدهم انتخاب شد.
وی پس از حضورش در این وزارتخانه جعفر توفیقی گزینه معرفی نشده به مجلس را به عنوان مشاور عالی و جعفر میلی‌منفرد گزینه‌ای که از کسب رای اعتماد مجلس جا مانده بود را به سمت معاون آموزشی وزارت علوم منصوب کرد و حسین نادری‌منش نیز از وزرات علوم خداحافظی کرد.
فرجی‌دانا با انتصاب مجتبی صدیقی در 12 آبان‌ماه به عنوان معاون وزیر، با ملاباشی رئیس سابق سازمان امور دانشجویان خداحافظی کرد و سعید سمنانیان را به عنوان مشاور وزیر و رئیس مرکز هیئت‌های امنا و هیئت‌های ممیزه و محمود صادقی را به عنوان مشاور وزیر و مدیرکل دفتر ارزیابی عملکرد و پاسخگویی به شکایات وزارت علوم منصوب کرد.
همچنین با استعفای مسلمی‌نائینی، غلامی به عنوان مدیرکل امور بورس وزارت علوم و پرهیزگار به عنوان معاون پشتیبانی و مدیریت منابع این سازمان معرفی شد.
وی سه روز بعد، عبدالحسین فریدون را با حفظ سمت به عنوان سرپرست مرکز جذب اعضای هیئت‌علمی منصوب و با حکمی نصیری قیداری را به عنوان معاون حقوقی و امور مجلس و لعیا جنیدی را به سمت مدیرکل لوایح ، تدوین و تنقیح قوانین و مقررات وزارتخانه متبوعش انتخاب کرد.
وزیر علوم در 18 آبان‌ماه محمدحسن امید را به عنوان سرپرست معاونت فرهنگی و اجتماعی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری معرفی کرد و با غلامرضا خواجه‌سروی آخرین معاون دولت دهم در وزارت علوم خداحافظی کرد.
فرجی‌دانا همچنین در 20 آبان‌ماه علی خاکی صدیق را به عنوان سرپرست دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی و به جای قاسمی منصوب کرد و کار نیمه‌تمام توفیقی را تمام کرد.
انتصاب علی معینی مدیرکل تحول اداری و فناوری اطلاعات وزارت علوم در 26 آبان‌ماه و با حفظ سمت به عنوان دبیر شورای راهبری فناوری اطلاعات این وزارتخانه، از دیگر انتصاب‌های فرجی‌دانا بود. فردای آن روز نیز سعدان زکایی به عنوان رئیس مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی وزارتخانه به جای عامری معرفی کرد.
جعفر میلی‌منفرد معاون آموزشی نیز انتصابات خود را در دوم آذرماه با صدور حکمی برای سیدحسین حسینی به عنوان مدیرکل دفتر گسترش آموزش عالی و عبدالرحیم نوه ابراهیم به عنوان مدیرکل دفتر برنامه‌ریزی آموزش عالی رقم زد.
وزیر علوم سیدضیاء هاشمی جامعه‌شناس و استاد دانشگاه را به عنوان معاون فرهنگی اجتماعی وزارت علوم انتخاب کرد.
احمدی معاون پژوهش و فناوری وزیر علوم، تحقیقات و فناوری نیز با صدور حکمی مصطفی کریمیان‌اقبال را به سمت مدیرکل دفتر برنامه‌ریزی امور فناوری این وزارتخانه منصوب کرد.
فرجی‌دانا با انتصاب سیروس علیدوستی رئیس پژوهشگاه علوم و فناوری اطلاعات ایران و برکناری سیدامید فاطمی در آستانه صدمین روز فعالیت دولت جدید، دامنه تغییرات را به پژوهشگاه‌ها نیز کشاند و در شرایطی که اخباری درباره انتصابات جدید و استعفاها در زیر مجموعه‌های این وزارتخانه به گوش می‌رسد، 100 روز پرافت و خیز وزرات علوم در حالی پایان می‌یابد که فرجی‌دانا برای پاسخ به سوالات جمعی از نمایندگان باید به صحن مجلس رود و شاید استیضاح وی نیز در این زمینه مطرح شود.
