پس از این اتفاقات وزارت خارجه و مجلس شورای اسلامی که سازمان‌دهندگان این سفر بودند، از هرگونه اطلاع قبلی درباره انجام این سفر ابراز بی‌اطلاعی کردند. حسن قشقاوی معاون کنسولی وزارت امور خارجه اظهار داشت دعوت این هیات پارلمانی از سوی مجلس بوده و از سوی وزارت امور خارجه هیچ دعوتی صورت نگرفته است که بخواهد هیات پارلمانی اروپا را کنترل کند. قشقاوی همچنین تشریفات مجمع تشخیص مصلحت نظام را مسؤول بی‌احترامی صورت گرفته به آیت‌الله هاشمی دانست.
رئیس مجلس همچنین در واکنش به اقدام هیأت اروپایی گفت: آنها کار اشتباهی کردند و اینکه بعد از برگشت موضوع را علنی کردند به این معناست که به دنبال هیاهو هستند و می‌خواهند از آن بهره تبلیغاتی ببرند. وي ادامه داد: آنها می‌خواستند سروصدا کنند و ما نباید هیزمش را زیاد کنیم. کار غلطی کردند و در سطح اتحادیه اروپا نبود که پارلمانش کار سخیفی را انجام دهد اگر می‌خواستند ملاقات کنند باید برنامه‌شان را می‌دادند یا طرف ایرانی می‌پذیرفت یا نه ولی اینکه پنهانی و دزدانه ملاقلات کنند کار زشتی بوده است.
این ابراز بی‌اطلاعی مقامات کشور – در دولت و مجلس – از برنامه سفر هیأت اروپایی در حالی بود که رئیس این هیأت پیش از سفر به ایران، برنامه‌های این سفر را در مصاحبه‌های مختلف اعلام کرده بود.
اما کاظم جلالی رئيس کمیته روابط پارلمان اروپا در مجلس شورای اسلامی در توضیحاتی درباره دیدار هیات پارلمانی اروپا با نسرین ستوده و جعفر پناهی گفت که پیش از این محمدجواد لاریجانی، مشاور بین‌الملل رئيس قوه قضاییه، با این ملاقات موافقت کرده اما مجلس مخالف این دیدار بوده و این عمل را مخالف عرف دیپماتیک می‌دانسته است.
محمد جواد لاريجاني، دبير ستاد حقوق بشر قوه قضاييه که به گفته جلالی با دیدار هیأت اروپایی و اعطای جایزه به نسرین ستوده و جعفر پناهی اعلام موافقت کرده بودند گفت: هیچکس در این مملکت موافق رفتار این هیات در ملاقات با این افراد و اعطای جایزه به آنها نبوده است؛ زیرا اولا تقاضای ملاقات با افرادی که سابقه محکومیت دارند یا به نوعی درحال گذراندن محکومیت هستند، نیازمند هماهنگی‌های قضایی است و باز همه آنها نیازمند هماهنگی‌های امنیتی است، ثانیا جایزه دادن به محکومین فتنه همان‌طور که اشاره شد اصلا یک توهین سیاسی است.
تاریا کرونبرگ یک هفته پیش از سفر به ایران در گفت‌وگو با شبکه یورونیوز اهداف سفر هیأت اروپایی را اینگونه تشریح می‌کند:
«برنامه اصلی این سفر، دیدار با مقامات پارلمان ایران و گفت‌وگوهای بین پارلمانی است. اما پس از آن دیدار با مقامات دولتی و نمایندگان جامعه مدنی ایران نیز جزو برنامه‌های ماست. ما می‌خواهیم با نمایندگان غیردولتی جامعه مدنی دیدار کنیم. همچنین با مقامات و نمایندگان سازمان ملل در اموری از قبیل قاچاق مواد مخدر و سایر نهادها نیز ملاقات خواهیم کرد.»
کرونبرگ: «فکر می‌کنم یکی از مهمترین برنامه‌های ما این است که با دو ایرانی که پارلمان اروپا پارسال که جایزه ساخاروف را به آنها اهدا کرد، جعفر پناهی (کارگردان) و نسرین ستوده (وکیل و فعال حقوق بشر)، دیدار کنیم.»
کرونبرگ همچنین یک روز پیش از این سفر در گفت‌وگو با شبکه بی‌بی‌سی نیز دیدار با زندانیان سیاسی و همچنین رهبران معترضان به انتخابات 88 - موسوی و کروبی - را از جمله برنامه‌های سفر به ایران اعلام کرده بود که البته به گفته وی، مقامات ایرانی با این دیدار مخالفت کرده‌اند.
به نظر می‌رسد پس از شش سال، شرایط سفر هیأت پارلمان اروپا به ایران فراهم شد و این هیأت نیز در اولین روز از حضور در ایران، در سفارت یونان – حافظ منافع اتحادیه اروپا در تهران – حاضر شدند و طی مراسمی جایزه ساخاروف را به نسرین ستوده و جعفر پناهی اهدا کردند و پس از آن با مقامات ایران دیدار و گفت‌وگو کردند.
