رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، سوره علق را «برائت استهلال» قرآن کریم خواند و گفت: افق علم در این سوره چنان روشن است که پیامبر اسلام (ص) برآموختن آن از گهواره تا گور تاکید کرده‌اند.
وی با اشاره به تفاسیر متعدد قرآن کریم و روایات متعدد گفت: عبادت راه رسیدن به خداست، امّا خداوند بر خشیعت علما تاکید می‌کند که ترس نیست.
هاشمی رفسنجانی با یادآوری آیاتی که در تعریف و تمجید از علماست، گفت: بعضی‌ها می‌گویند که منظور قرآن از جایگاه دانشمندان، علمای دینی است، ولی مطمئناً منظور همه کسانی است که در هر علمی سرآمد روزگار هستند.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام با بیان تاریخی از صدر اسلام، مخصوصاً سالهای پس از رحلت پیامبر (ص) گفت: در همه دوره‌های اسلامی، از علم و عالم تکریم می‌شد و دانشمندان جهان به مراکز خلافت اسلامی هجرت کردند که ستاد ترجمه شکل گرفت و به تحقیق و پژوهش رسید.
وی با بیان سابقه و جایگاه دانشگاه جندی شاپور در سالهای قبل و بعد از اسلام گفت: این مرکز علمی ایرانی، پناهگاه دانشمندان نقاط مختلف جهان بود و حضور پزشکان ایرانی برای طبابت در مدینه زمان پیامبر (ص) ، نشانی از سابقه درخشان آن در اسلام و ایران است.
هاشمی رفسنجانی، به اهمیت تعقل، تفکر و تفقه در زمان ائمه معصومین (ع) اشاره کرد و گفت: وصیت‌های علمی امام کاظم (ع) به هشام بن حکم درباره نبرد لشکریان عقل و جهل، سند معتبری برای جایگاه دانش در اندیشه‌های شیعیان است.
وی با بیان چرایی وچگونگی برخوردهای غرب با مسلمانان و برنامه های آنها برای اشغال سرزمین‌های اسلامی گفت: دانش مسلمانان و کتاب‌های علمی آنان، بهترین غنیمت غرب از جنگ‌های 200 ساله صلیبی بود.
هاشمی رفسنجانی با اشاره به تاریخ معاصر و بیان اتفاقات سال های اوّل پیروزی انقلاب اسلامی گفت: اگرچه دانشگاهها در اوایل انقلاب با همه «امّا و اگرها» تعطیل شدند، امّا با ستادی که امام تشکیل دادند، حفظ شد.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، با بیان آماری از فضای آموزشی کشور و تعداد دانشجویان در سالهای اوّل انقلاب و تقاضاهای رو به افزایش جوانان برای تحصیلات دانشگاهی، به روند تصمیم‌گیری برای تأسیس دانشگاه آزاد اسلامی پرداخت و گفت: در زمانی که ورود بخش خصوصی به این مسایل، ارتداد انقلابی بود، امام با هوشیاری ، کمک‌های مادی و معنوی کردند که سرمایه‌ای با برکت برای گسترش کمی و کیفی آن در سراسر کشور شد.
هاشمی رفسنجانی، به سیر تدریجی تدوین تصویب سند چشم انداز در مجمع تشخیص و تایید آن از سوی رهبری معظم انقلاب پرداخت و گفت: دانش، محور سند چشم‌انداز است که اگر به آن توجه نشود، بقیه اهداف آن سند محقق نخواهد شد.
وی به فضای سیاسی پس از تصویب و تایید آن سند در جامعه پرداخت و گفت: متأسفانه این سند برای اجرا به دولتی سپرده شد که اصلاً اعتقادی به خرد جمعی واجرای آن نداشت.
هاشمی رفسنجانی، به فضایی که در 8 سال گذشته در کشور حاکم بود، اشاره کرد و گفت: کم توجهی به علم و دانش آن قدر فراگیر شده بود که استادهای آزاده علمی را حذف می‌کردند و به جای آنها برخی استادان شعاری را می‌آوردند که فضای محیط های علمی را بسته می‌خواستند.
وی با تاکید بر تأثیر تحجر و عقب ماندگی علمی بر تعصب‌های کورکورانه گفت: دانشمند نمی‌تواند در فضای بسته و امنیتی، از توان فکری خود استفاده نماید.
هاشمی رفسنجانی، سعه صدر را ضرورت و شرط مباحث علمی دانست و با اشاره به حضور افراد زندیق در جلسات امام علی (ع) گفت: آن امام (ع) به مریدان متعصب خود سفارش می‌کردند که مبادا به مخالفانم تعرض کنید و اگر می‌توانید ، جواب سخنان آنها را بدهید.
وی با انتقاد از افرادی که ادعای پیروی از حضرت علی(ع) دارند و کارهای خلاف تفکرات ایشان می‌کنند، گفت: نباید یک دانشجو و استاد مسلمان را به خاطر اختلاف سلیقه سیاسی یا بیان یک نکته علمی در کلاس، ستاره‌دار و اخراج کرد.
هاشمی رفسنجانی «ممنوع‌الورود کردن» دانشمندان به فضای علمی و دانشگاهی را ظلم به اسلام، انقلاب اسلامی، امام (ره) و ایران دانست و گفت: حقایق علمی، حتّی در علوم انسانی در تضارب آراء و مباحث آزاد کشف می‌شود.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، درخصوص رشد علم و آگاهی در جامعه زنان کشور و تأثیر آن برآینده ایران گفت: مادر باسواد فرزندانی دانشمند تربیت می‌کند.
وی با اشاره به محدودیت‌هایی که بعضی از تفکرات برای حضور زنان در مجامع علمی می‌خواهند، گفت: صحبت کردن از سهمیه زن و مرد در دانشگاه اشتباه است، چون در هیچ مرام و مکتبی جنسیت، جرمی برای ادامه تحصیل نیست.
هاشمی رفسنجانی در پاسخ به تقاضای اعضاء برای ارتباط بیشتر انجمن‌های علمی با مرکز تحقیقات استراتژیک و مجمع تشخیص مصلحت نظام گفت: می‌توانیم با تشکیل معاونت علمی در مرکز تحقیقات که رشته‌های مهم کمیته‌های آن معاونت باشند، از توان علمی و تجربه عملی انجمن‌های علمی برای ارتقای بهره‌وری بخش‌های مختلف کشور استفاده نماییم.
