محمود نیلی احمدآبادی هم‌اکنون سرپرست دانشگاه تهران است و در رزومه او سابقه مدیریت چندانی دیده نمی‌شود. معاونت پژوهشی دانشکده فنی و رئیس پردیس دانشکده‌های فنی دانشگاه تهران تنها سوابق مهم قابل ذکر نیلی‌احمدآبادی هستند.
پس از معرفی نیلی‌احمدآبادی، واکنش‌های دانشگاهیان و نمایندگان مجلس به این وزیر پیشنهادی آغاز شد. در یکی از واکنش‌ها، الیاس نادران نماینده مجلس شورای اسلامی با اشاره به همین سوابق اندک و غیرقابل اتکای نیلی احمدآبادی گفت که "دولت نیز نظر مساعدی نسبت به گزینه پیشنهادی خود ندارد و اعتقاد ما این است که وی گزینه اصلی دولت نیست."
پس از نادران نیز چند نماینده و همچنین نمایندگان برخی تشکل‌های دانشجویی بر این نکته تاکید می‌کردند که نیلی احمدآبادی گزینه اصلی دولت نیست.
روزنامه اصلاح‌طلب اعتماد هم در گزارشی راجع به این وزیر پیشنهادی نوشته است که: "خیلی‌ها هستند که هنوز باور ندارند نیلی «گزینه اصلی دولت» است."
پیرو این مباحثات، شنیده‌ها حاکی از آن که گزینه‌های اصلی و جدی دولت برای وزارت علوم، احمد معتمدی رئیس فعلی دانشگاه امیرکبیر و وزیر اسبق ارتباطات و فناوری اطلاعات و همچنین علی افخمی رئیس موسسه دهخدا هستند.
همچنین شنیده شده، دولت در این زمینه با اصرار فراوان از محمدرضا عارف نیز درخواست کرده بود که وزارت علوم را بپذیرد اما این درخواست از سوی عارف رد شده، و از این روی در حال حاضر معتمدی و افخمی، گزینه‌هایی هستند که دولت حساب‌بیشتری روی آنها باز کرده است تا در صورت رای عدم اعتماد به نیلی احمدآبادی-که احتمال آن با توجه به فضای مجلس زیاد است- یکی از این دو گزینه به عنوان وزیر پیشنهادی به مجلس معرفی شوند.
نیلی احمدآبادی پیش از این حتی برای ریاست دانشگاه تهران نیز به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی نشد و گفته می‌شود این موضوع به دلیل جو منفی شدید موجود در شورا علیه وی بوده است.
