وی در عین حال گفت: البته وزیر علوم چون عضو دولت است حتما باید بینش سیاسی داشته باشد و در مورد مسائل سیاسی در هیات دولت بحث کند. با این حال منظور از مسائل سیاسی، مسائل سیاسی نیست بلکه منظور حفظ آرمان‌های نظام و دفاع از منافع ملی کشور است.
وزیر علوم دولت اصلاحات با بیان اینکه امروز نگاه به وزارت علوم بیشتر سیاسی است، ادامه داد: شاید بعضی این تحلیل را دارند که دانشگاه‌ها می‌توانند در تحولات سیاسی برخی جریان‌ها تاثیر داشته باشند. در واقع برای بسیاری، دغدغه‌های سیاسی در وزارت علوم قوی‌تر از دغدغه‌های علمی است.
توفیقی در رابطه با علت این مسئله ابراز عقیده کرد: تا حدی برمی‌گردد به انتخابات ریاست‌جمهوری در سال 92. به هر حال در هر انتخاباتی جریانات سیاسی با هم رقابت می‌کنند. این موضوع در خرداد سال 92 هم اتفاق افتاد که افراد سیاست‌ها و برنامه‌های خود را اعلام می‌کردند و مردم با توجه به این سیاست‌ها و برنامه‌ها، آقای روحانی را انتخاب کردند و ایشان پیروز انتخابات شدند. این طبیعی بود که آقای روحانی هم دولت خود را متناسب با سیاست‌ها و برنامه‌های اعتدالی که اعلام کرده بود، تشکیل دهد.
وی افزود: طبیعی است افراد دیگری که متعلق به جریان سیاسی دیگر بودند، علاقه‌مند باشند که در چینش سیاسی کابینه موثر باشند و افرادی را مدنظر قرار دهند که متعلق به آن پایگاه سیاسی باشند. آقای روحانی به‌عنوان منتقد برخی سیاست‌های دولت‌های نهم و دهم وارد انتخابات شد و برخی از این انتقادات نیز به مدیریت علمی کشور و سیاست‌های وزیر علوم باز می‌گشت. آقای روحانی بارها در سخنرانی‌های قبل و بعد از انتخاب این مسائل را مطرح کرده بودند و حالا طبیعی بود وزیری را به عنوان وزیر علوم معرفی کنند که بتواند حامی، پشتیبان و پیاده‌کننده دیدگاه‌هایی باشد که مردم به آنها رای داده‌اند.
وزیر علوم دولت اصلاحات با بیان اینکه در انتخابات ریاست‌جمهوری کاندیدایی که خواهان تداوم سیاست‌های قبلی بود حضور داشت، خاطرنشان کرد: در انتخابات ریاست جمهوری این دو تفکر با هم رقابت می‌کردند اما این رقابت امروز هم ادامه دارد و در بحث معرفی وزیر علوم دیده می‌شود. دکتر روحانی به‌دنبال فردی موافق با سیاست‌های ایشان در حوزه دانشگاه است و برخی رقبا که خواهان تداوم سیاست‌های قبلی هستند، انتظار دارند ایشان وزیری را معرفی کند که سیاست‌های قبلی را تداوم ببخشد و استمرار دهد. در این مورد کاملا طبیعی است که کسانی باشند که با سلیقه دکتر روحانی در انتخاب وزیر مخالف باشند.
توفیقی با تاکید بر اینکه روحانی در انتخاب وزیر علوم به فکر مقابله با مجلس نیست، یادآور شد: ایشان به مسیری که به مردم وعده داده بود، اعتقاد دارد. افرادی که دکتر روحانی معرفی می‌کند از زبده‌ترین و کارآمدترین مدیران آموزش عالی بودند و سابقه مدیریت درخشانی داشته‌اند و بیوگرافی آنها هم این مسئله را نشان می‌دهد. مثلا دکتر فرجی‌دانا در جامعه دانشگاهی یک شخصیت برجسته علمی و مدیریتی است. آقای دکتر نیلی هم همین‌طور. آقای دکتر دانش آشتیانی هم همین وضع را داشتند.
وی با بیان اینکه روحانی افرادی را که معرفی کرده با اعتقاد معرفی کرده است، ابراز عقیده کرد: وی اصلا به دنبال بهره‌وری سیاسی از این معرفی نبوده است. کاملا روحیه همکاری با مجلس در این معرفی‌ها بوده و افرادی که معرفی شدند کاملا فراجناحی بودند. البته گرایش سیاسی آنها را نمی‌توان نفی کرد اما سابقه مدیریتی آنها گویای این بود که افرادی نیستند که مسائل سیاسی را در مسائل مدیریتی دخالت دهند. صرفا نگاه کارشناسی و علمی به مدیریت داشتند.
وزیر علوم دولت اصلاحات با تاکید بر اینکه من این را قبول ندارم که هدف مقابله با مجلس بوده است، ادامه داد: انتخاب‌های ایشان کاملا متناسب با خواست جامعه دانشگاهی کشور بوده است. من به شخصه مسئول این نظرسنجی بودم. در زمانی‌که دولت یازدهم در حال شکل گرفتن بود آقای دکتر فرجی‌دانا و دکتر نیلی و دکتر دانش در روزهای مرداد 92، از طرف جامعه علمی کشور پیشنهاد شده بودند و دکتر روحانی نیز تعهدات خود را به جامعه علمی کشور در معرفی وزیر علوم نشان داده و کسانی را معرفی کرده که جامعه دانشگاهی بیشترین استقبال را از آن افراد داشته‌اند و ایشان همچنان به تداوم سیاست‌های خود متعهد است.
توفیقی با تایید این نظر خبرنگار آرمان که تغییر سیاست‌های روحانی در وزارت علوم دلیل اصلی مخالفت‌ها با گزینه‌های معرفی‌شده در این وزارتخانه است، اظهار داشت: در مورد وزارت علوم یک رقابتی شکل گرفته است. از یک‌سو دکتر روحانی که به‌دنبال تغییر و تحول هستند و از سوی دیگرانی که طرفدار باقی ماندن وضع سابق هستند. این رقابت در انتخاب وزیر علوم خود را نشان داده است.
وی با بیان اینکه برای حل مشکل رابطه میان دولت و مجلس من نمی‌دانم آقای روحانی چه تصمیمی می‌گیرند، تصریح کرد: تا اینجایی که پیش آمده، تعهد آقای روحانی را به مطالبات جامعه دانشگاهی می‌بینیم. ایشان از طرف جامعه دانشگاهی با مطالباتی مواجه است که در صدر آنها انتخاب وزیر علوم قرار دارد. آقای روحانی با انتخاب وزیر علوم نشان می‌دهد چقدر به پاسخگویی به مطالبات جامعه دانشگاهی متعهد است. ایشان در یک سال گذشته افرادی را معرفی کرده است که متعلق به پایگاه سیاسی ایشان یعنی اعتدال هستند و می‌توانند برنامه‌های ایشان را در دانشگاه پیاده کنند.
وزیر علوم دولت اصلاحات با تاکید بر اینکه آقای روحانی قصد دارند همین مسیر را ادامه دهند، گفت: بلاتکلیفی در وزارت علوم به نفع دانشگاه‌ها نیست و جامعه علمی کشور از این وضعیت آسیب می‌بیند. وزیر علوم باید بتواند در یک برنامه زمانی حداقل چهار ساله در دولت یازدهم سیاست‌های بلندمدتی اتخاذ کند و با دانشگاه‌ها در تعامل باشد.
توفیقی با اشاره به تدوین برنامه ششم توسعه، خاطرنشان کرد: همه چیز از این حکایت می‌کند که وزارت علوم باید از یک ثبات و پایداری برخوردار باشد که مسائل یک‌سال و اندی گذشته اجازه نداده این ثبات و پایداری پابرجا باشد و وزیر علوم بتواند یک برنامه طولانی‌‌مدت را در نظام این کشور پیاده کند. امیدوارم که واقعا دولت و مجلس هرچه سریع‌تر به یک تفاهم مشترک برسند و این مشکل را حل کنند و وزارت علوم از بلاتکلیفی خارج شود.
وی در خصوص تبعات اداره وزارت علوم بدون وزیر اظهار داشت: برنامه‌های توسعه علمی کشور معمولا برنامه‌های بلندمدت هستند و کسی که در این مسئولیت قرار می‌گیرد باید بتواند بلندنگری کند و بتواند برنامه‌های بلندمدت را اجرا کند. این بلاتکلیفی لطمه بزرگی به وزارت علوم می‌زند چون این نهاد تاثیرگذار را درگیر روزمرگی می‌کند. حتی در سطح مدیران دانشگاه هم این روزمرگی را احساس می‌کنید. چون نمی‌توانند نسبت به هیچ تصمیم بلندمدتی اقدام کنند. چون واقعا نمی‌دانند تکلیف وزیر علوم و استقرار او در دانشگاه چه می‌شود و اصلا چه کسی قرار است به‌عنوان وزیر علوم معرفی شود و فرد معرفی‌شده چه سیاست‌هایی را در دانشگاه اجرایی خواهد کرد.
وزیر علوم دولت اصلاحات اضافه کرد: تصور من این است که جابه‌جا شدن سرپرستان و روشن نشدن تکلیف تاثیر منفی بر جامعه علمی کشور خواهد داشت. به خصوص اینکه در آستانه تدوین برنامه ششم هستیم و مهم‌ترین جایی که وزیر علوم می‌تواند برنامه ششم را شکل دهد همین زمان است که تکلیف وزارت علوم مشخص نیست.
