مناظره حجت‌الاسلام سید محمود نبویان با مصطفی کواکبیان در حالی در دانشگاه شاهد برگزار شد که این مناظره با حواشی جالبی نیز همراه بود که برخی از آن به شرح ذیل است:
* کواکبیان در ابتدا با ابراز خرسندی از مناطره با نبویان گفت که بارها برای حضور در مناظرات دانشگاهی از نبویان نام برده است اما او بعد از دقایقی گفت، من شنیده بودم آقای نبویان تند است اما شنیدن کی بود مانند دیدن.
* "علیکم بالمتون لا بالحواشی" اولین بحث نبویان بود، او گفت تنها برای مناظره درباره موضوع به دانشگاه شاهد آمده و بر اساس آنچه به گفته او منطق حکم کرده، ورود به بحث‌های دیگر به معنای فرار از بحث است و او با پاسخ ندادن به بحث‌های حاشیه‌ای چنین اجازه‌ای را به کواکبیان نخواهد داد.
* کواکبیان تیکه‌های خاص خودش را یکی پس از دیگری خطاب به نبویان طرح می‌کرد که در یکی از آنها به کنایه گفت، شما آخوند هستید و از حوزه وارد مجلس شده‌اید؛ که نبویان در پاسخ گفت، ما آخوندها بیکار هستیم که سی بار برجام را می‌خوانیم و برای بررسی آن 400 ساعت وقت می‌گذاریم.
* نبویان در بحث خود از واژه "حاج خانوم موگرینی" و "بچه‌های بالا" به طنز استفاده کرد که کواکبیان این واژه را بی احترامی به زنان مسلمان و وزارت اطلاعات خواند.
* در میان اظهارات کواکبیان، برخی دانشجویان با صدای بلند خواستار عدم خروج وی از موضوع مناظره شدند که نبویان چندین بار خطاب به این دانشجویان گفت: من بلد هستم از خودم دفاع کنم شماها میان صحبت آقای دکتر کواکبیان ورود نکنید.
* کواکبیان هنگامی که می‌گفت فروش نفت و توزیع آن به مردم افتخار دولت سابق بود و آن دولت سیب زمینی پخش می‌کرد، یک دانشجو بالای سن رفت و صدای بلند گفت، اگر آن دولت سیب‌زمینی توزیع می‌کرد شماها دفن می‌کنید.
* نبویان کتاب "امنیت ملی و دیپلماسی هسته‌ای" را با خود به دانشگاه شاهد آورده بود و چندین بار در رد اظهارات کواکبیان به نوشته های حسن روحانی استناد کرد.
* کواکبیان در میانه بحث به مجری گفت بهتر است وارد پرسش و پاسخ شویم که نبویان با قطع سخنان وی به مجری گفت، ما هنوز وارد بحث‌های اساسی نشده‌ایم، بحث تحریم‌ها و وعده‌های که به مردم داده‌اند مانده است و اگر لازم باشد تا 11 شب برای ادامه بحث اینجا خواهم ماند که کواکبیان به شوخی گفت، حاج آقا شما آخوند هستید؛ من جاهای دیگر هم قول داده‌ام؛ بماند برای فرصت دیگر.
* نبویان در واکنش به اظهارات کواکبیان که می‌گفت، دلیل نگرانی دلواپسان رای نیاوردن آنها در انتخابات آتی مجلس است، گفت: شما از کجا می‌دانید ما رای نمی‌آوریم؟ نکند می‌خواهید مثل انتخابات 88 از قبل بگوید که ما پیروزیم؛ آنقدر مردانگی داشتیم که رای 300 هزارنفری احترام گذاشتیم اما شما برای 11 میلیون رای کودتا کردید.
* یکی از حاضرین از کواکبیان پرسید شما در روزنامه خود یک مصاحبه انجام نشده را نقد کرده بودید و حالا طبیعی است که از برجامی که نخوانده‌اید، دفاع کنید که کواکبیان در پاسخ گفت،"اینها بلغوریات کیهان است؛ شماها که نباید هرچه "حسین" گفت گوش کنید، منظور "حسین شریعتمدار است".
* دانشجوی از نبویان پرسید شماها چطور در فساد سه‌هزار میلیاردی دلواپس نبودید و حالا دلواپس شده‌اید؟ که وی در پاسخ گفت: در آن زمان ما اعتراض کردیم و اما الان نمی‌گذارند به کرسنت اعتراض کنیم؛ جریمه حاصل از کرسنت به گفته وزیر کشور چندین برابر 3 هزار میلیارد است البته باید با هر فسادی برخورد شود.
* و اما در نهایت کواکبیان با لحن تند گفت؛ همه مشکلات کشور برجام نیست باید موضوعات دیگر بررسی شود باید نظریات و تفکرات آیتالله مصباح یزدی که مشکل اصلی است به بحث گذاشته شود که بعد از این اظهارات دانشجویان در حالی که نبویان در حال تشکر از کواکبیان بود، شعار مرگ بر فتنه‌گر به سمت سن حرکت کرده و خواستار عذرخواهی وی به دلیل نام بردن از آیتالله مصباح شدند؛ کواکبیان بعد از متشنج شدن سالن جلسه گفت برای سلامتی آیتالله مصباح صلوات بفرستید؛ نبویان هم تریبون را گرفت و گفت، آیتالله مصباح از افتخارت جمهوری اسلامی است؛ اگر دوست دارید بروید بزرگترهایتان را بیاورید تا درباره تک تک نظریات استاد مصباح مناظره کنیم.
اما دانشجویان همچنان شعار مرگ بر فتنه‌گر سر می‌دادند که کواکبیان با عصبانیت خطاب به دانشجویان گفت: فتنه‌گران هفت پشت‌تان است؛ جدآبادتان است.
