محمد موسویخویینیها در وبسایت خود در باره اظهارات حجت الاسلام شجونی مبنی بر داشتن ارتباط با گروهک تروریستی فرقان نوشت: من هیچگونه ارتباطی با گروه فرقان نداشتهام و حتی یک بار هم رهبر این گروه را ندیدهام فردی معمم ادعا کرده است که من این گروه را در جلسات تفسیر قرآن به گونهای آموزش دادهام و نسبت به مرحوم شهید مطهری مطالبی گفتهام که این گروه به ترور آن عالم بزرگوار کشیده شدهاند،تمام این نسبتها و ادعاها، کذب محض است.
آن فرد معمم به من نسبت کمونیستی داده است و برای انجام این گناه بزرگ نسبت ناروایی هم به مرحوم شهید مطهری داده است. همه این نسبتها کذب محض است و خدا میداند که این فرد چه مشکل یا مشکلاتی دارد که برای خلاصی از آنها دست به نشر این اکاذیب میزند که سبب تشویش اذهان عمومی میگردد.
من فعلاً اعلام میکنم که مطالب نسبت داده شده به اینجانب از طرف این شخص کذب محض است و قطعاً از گناه این دروغهایی که درباره من گفته است نخواهم گذشت تا در روز قیامت در محضر پروردگار او را به محاکمه بکشم، من در آینده به تفصیل به توضیح و اثبات این دروغها و آثار و پیامدهای آن خواهم پرداخت.