بسیاری او را تاثیرگذارترین چهره نزدیک به حجت‌الاسلام حسن روحانی می‌دانستند، در تمامی جلسات دولت حضور داشت و حتی در بسیاری از جلسات غیردولتی به نمایندگی از طرف رئیس‌جمهور حضور پیدا می‌کرد.
به گزارش فردا بسیاری نیز نقش او را در برخی انتصاب‌ها حائز اهمیت می‌دانستند، اما سرنوشتش در دولت رفته رفته به گونه‌ای دیگر رقم خورد؛ طوری که حالا یک سال است که در هیچ کجای دولت اثری از او نمی‌توان یافت.
این تصویر بسیار حاشیه‌ساز شد، خبرگزاری ایسنا در واکنش به انتقاد‌های صورت گرفته نسبت به نوع نشستن فریدون در حضور برادرش نوشته بود که علت این مدل نشستن به دلیل مصدومیت پای فریدون بوده و مربوط به سفر روحانی به استان یزد در اردیبهشت سال 92 و پیش از برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری است
حسین فریدون برادر رئیس‌جمهور است، با تشکیل کابینه یازدهم از برادر خود نیز حکم دستیاری ویژه رئیس‌جمهوری دریافت کرد و با همان حکم در برخی عزل ونصب‌ها نیز فعال بود، از جمله در انتصاب علی صدقی به عنوان مدیرعامل بانک رفاه که با وجود مخالف سازمان بازرسی با اصرار او بر صندلی این بانک تکیه زد. علی صدقی فیش حقوقی 230 میلیون تومانی دریافت می‌کرد. برخی رسانه‌ها همچنین اعلام کرده بودند که علی رستگار سرخه‌ای نیز با سفارش فریدون به مدیرعاملی یکی از بانک‌ها رسیده است.
حسین فریدون در مذاکرات هسته‌ای وین. عراقچی دلیل حضور حسین فریدون در مذاکرات را صرفا جهت گفتگوی او با رئیس جمهور به زبانی خاص (سرخه‌ای) برای ممانعت از شنود سرویس‌های جاسوسی دانسته بود.
فریدون حتی در مذاکرات‌هسته‌ای وین نیز حضور داشت و به گفته محمود جواد ظریف "نقش آقای فریدون به عنوان فردی که در داخل هیئت و همچنین ارتباط با تهران وظیفه هماهنگی را بر عهده داشت نقش بسیار برجسته‌ای بود. "
اما روزگار برای فریدون طور دیگری رقم خورد، او در تیر 1396 بازداشت شد، برخی رسانه‌ها علت بازداشت فعالیت‌های سوء مالی و اقتصادی عنوان کرده بودند.
بر همین اساس نیز علیرضا زاکانی نماینده وقت مجلس گفته بود: «رئیس‌جمهور به جای اینکه به‌دنبال فساد و سازمان فساد بگردند، بهتر است به برادر خودشان، دفتر خودشان و وزارت نفت توجه کنند.» سخنگوی قوه قضاییه نیز اتهام وی را مسائل مالی عنوان کرده بود. البته او پس از چندروز 26 تیرماه آن هم با قرار وثیقه 50 میلیارد تومانی آزاد شد.
مراسم ضیافت افطار با وزرا، معاونان، استانداران و روسای سازمان‌های دولتی و غیبت فریدون در این مراسم
بازداشت فریدون و حواشی رخ داده، به تدریج نقش دستیار ویژه رئیس‌جمهور در دولت را کم‌رنگ کرد، او دیگر در کنار رئیس‌جمهور در جلسات هیئت دولت نمی‌شیند و حتی در برنامه‌های دولت نیز غیبت دارد.
اما حسین فریدون پس از 10 ماه دوری از انظار عمومی بالاخره در مراسم تشییع مرحوم طباطبایی حاضر شد، وی روز گذشته در مراسم ختم آن مرحوم نیز حضور داشت، اما با این حال در مراسم شب گذشته که از سوی دفتر رئیس‌جمهور تدارک دیده شده بود، غیبت داشت. رئیس‌جمهور روحانی شب گذشته میزبان دولتی‌ها و خانواده‌هایشان بود.
حسین فریدون حتی در این مراسم نیز غائب بود تا این احتمال داده شود که او به طور کلی از دولت حذف شده است!
