فرشید باقری از جمله بازیکنانی بود که در بدو ورود به تیم استقلال با انتقادات زیادی مواجه شد. آن‌هایی که این بازیکن را قبول داشتند پیش از ورودش به استقلال از صبای قم این باقری را با کریم باقری مقایسه می‌کردند و معتقد بودند می‌تواند رهبری میانه میدان را در دست بگیرد ولی بازی‌های ضعیف این بازیکن در فصل اول حضورش در استقلال به اضافه رقم قرارداد ۹۰۰ میلیون تومانی اش باعث شد تا موج عظیمی از انتقادات به سوی این بازیکن و مدیر برنامه‌هایش راه بیفتد.
به گزارش خبرورزشی، در همان برهه استقلال نام این بازیکن را در لیست خروجی گذاشت ولی وقتی برانکو ایوانکوویچ برای به خدمت گیری این بازیکن ابراز علاقه کرد بار دیگر این هافبک دفاعی کرمانی مورد توجه مسئولان باشگاه استقلال قرار گرفت و با ۲۰ درصد اضافه قرارداد با یک میلیارد و ۸۰ میلیون تومان به حضورش در این تیم ادامه داد! اینکه این موج خبری را چه افرادی راه انداختند موضوع مورد بحث این نوشتار نیست.
مهم این بود که باقری فصل قبل و در کنار امید ابراهیمی خط هافبک مقتدری در میانه زمین برای استقلال ایجاد کرده بودند و در نهایت با جدایی ابراهیمی، فرشید باقری به چشم و چراغ این تیم در خط هافبک تبدیل شد.
او حالا در سومین فصل حضورش در استقلال راحت‌تر و مطمئن‌تر از قبل بازی می‌کند، ضمن اینکه با به ثمر رساندن یک گل برابر صنعت نفت و دو گل مقابل سپیدرود رشت ثابت کرده شفر بی‌دلیل به او اعتماد نداشته و شاید بتواند جای خالی امید ابراهیمی را در این تیم پر کند.
