از عضویت در شورای عالی دفاع تا جانشینی فرماندهی کل قوا مسیر اثرگذاری هاشمی رفسنجانی در تصمیمات مهم جنگ ایران و عراق است. برخی نقش هاشمی در جنگ را سازنده و مثبت عنوان می‌کنند و برخی سیاست‌های او را در تقابل با سیاست‌های امام خمینی(ره) می‌دانند و معتقدند که او بود که جام زهر را به امام(ره) نوشاند.
به گزارش تسنیم هاشمی رفسنجانی که ریاست اولین دوره مجلس شورای اسلامی را برعهده داشت، در مهر ماه سال 60 نماینده امام در شورای عالی دفاع شد. با انتصاب هاشمی به سمت فرماندهی عملیات والفجر در 30 بهمن 62 (پیش از اجرای عملیات خیبر) نقش او در جنگ پررنگ‌تر شد تا اینکه در پایان جنگ با دریافت حکم جانشینی فرماندهی کل قوا نقش او بسیار پررنگ شد.
محمد درودیان پژوهشگر تاریخ جنگ ایران و عراق نقش هاشمی رفسنجانی در جنگ را در 5 محور دسته‌بندی می‌کند. او آن 5 محور را «تولید گفتمان رسانه‌ای و سیاسی کشور»، «پشتیبانی از جنگ»، «حضور در ساختار تصمیم‌گیری جنگ»، «تصمیم‌سازی برای ادامه جنگ، فرماندهی و پایان دادن به جنگ» و «هدایت دیپلماسی» می‌داند.
هاشمی رفسنجانی علاوه بر ریاست مجلس شورای اسلامی، سخنگوی شورای عالی دفاع و خطیب نماز جمعه تهران هم بود. از این رو سخنان و مواضع او در خصوص جنگ تحمیلی بازتاب وسیعی در رسانه‌های داخلی و خارجی پیدا می‌کرد.
درودیان می‌گوید: «محافل سیاسی و رسانه‌ای خارج از کشور به گفته‌های ایشان استناد کرده و حرف‌های آقای هاشمی را مبنای تحلیل و اظهارنظر در ارتباط با جنگ قرار می‌دادند و از مسیر تجزیه و تحلیل حرف‌های ایشان درمی‌یافتند که ایران به دنبال چیست.»
دومین نقش هاشمی رفسنجانی پشتیبانی از جنگ بود. هاشمی امکانات و تجهیزات مورد نیاز جنگ را از طریق دولت تامین می‌کرد. او نیازمندی‌های نیروهای مسلح (سپاه و ارتش) را دریافت و با هماهنگی سیستم مدیریتی کشور و با اطلاع از منابع و بودجه، اقدام به رفع برخی از نیازها می‌کرد.
محسن رضایی در این رابطه می‌گوید: «جنگ خیلی صرفه‌جویانه اداره می‌شد، به طوری که یک‌بار خودِ آقای هاشمی آمد و همین موضوع را در نمازجمعه زمان جنگ باز کرد که ما چقدر با صرفه‌جویی داریم می‌جنگیم و جنگ را اداره می‌کنیم.» او همچنین عنوان می‌کند: «هرچه ما بیشتر امکانات و بودجه در جنگ وارد می‌کردیم، دستاوردها بیشتر بود و جنگ هم زودتر تمام می‌شد.»
بسیاری از فرماندهان نظامی جنگ نسبت به پشتیبانی دولت انتقاد داشته و دارند. محسن رضایی می‌گوید: «اگر سپاه منهای دولت می‌توانست اقتصاد را در جایی بسیج کند، ما اصلاٌ منتظر مسئولان نمی‌ماندیم؛ می‌رفتیم تا بغداد و حمله می‌کردیم.» هاشمی نقش مهمی در پشتیبانی دولت از نیروهای نظامی داشت.
** تصمیم‌سازی هاشمی در جنگ؛ از ادامه تا پایان جنگ
سومین نقش هاشمی رفسنجانی حضور در ساختار تصمیم‌گیری جنگ بود. او از آن زمانی که به عضویت شورای عالی دفاع درآمد تا وقتیکه جانشین فرمانده کل قوا شد و در راس تصمیم‌گیری برای جنگ قرار گرفت، نقش‌های مهمی ایفا کرد. هاشمی البته در خصوص استراتژی دفاع مقدس اینگونه گفته است: «استراتژی دفاع مقدس، در کلیت آن در اختیار امام بود و ما در شورای عالی دفاع روی موارد جزئی مانند استراتژی عملیات و دفاع کار می‌کردیم. سیاست‌های اصلی مساله جنگ در دست امام بود.»
انتصاب هاشمی به فرماندهی عملیات والفجر در سال 62 نقش او را در جنگ پررنگ‌تر کرد. هاشمی بیان کرده است: «در جلسات سران و جلسات شورای عالی دفاع به این نتیجه رسیدیم که باید فرماندهی دیگری برای جنگ بگذاریم تا ارتش و سپاه را با هم هماهنگ کند؛ قرعه به نام من افتاد. ما می‌خواستیم آیت‌الله خامنه‌ای باشند که امام به حق گفتند: اولاً دست ایشان به خاطر حادثه تروریستی مشکل دارد، ثانیاً ایشان رئیس جمهور هستند و شما رئیس مجلس؛ شما دو نائب دارید که در نبودتان جلسه را اداره می‌کنند.»
تصمیم‌سازی برای ادامه جنگ، فرماندهی و پایان دادن به جنگ در ادامه نقش سوم هاشمی در جنگ است که موضوع ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر اولین بروز تصمیم‌سازی هاشمی است. هاشمی رفسنجانی و محسن رضایی از موافقان ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر و ورود به خاک عراق بودند. هاشمی در خاطرات خود نگفته است که در جلسه مسئولان با امام خمینی سخن گفته است، اما محسن رضایی می‌گوید او اولین نفر بود که در مقام موافقت سخن گفت و سپس ظهیرنژاد و بنده استدلال‌های نظامی‌مان را بیان کردیم.
دومین عرصه بروز تصمیم‌سازی هاشمی در جنگ از عملیات خیبر و پس از انتصاب به فرماندهی عملیات والفجر آغاز شد. هاشمی فرمانده قرارگاه مرکزی خاتم الانبیاء (ص) شد که ارتش و سپاه زیر نظر آن قرارگاه بودند. در عملیات خیبر منطقه زید به ارتش سپرده شد و سپاه در شمال منطقه زید (مجنون و طلائیه) عمل کرد. در ادامه نیز با هدایت هاشمی ارتش و سپاه زیر نظر قرارگاه مرکزی به اجرای عملیات‌های جداگانه پرداختند.
ماجرای پایان دادن به جنگ سومین و مهمترین عرصه بروز تصمیم‌سازی هاشمی است که در سال‌های گذشته و با انتشار برخی از اسناد و کتاب‌ها بسیار مورد نقد قرار گرفته است و برخی هاشمی را متهم به نوشاندن جام زهر به امام کرده‌اند. هاشمی گفته است: «وقتی حکم فرماندهی جنگ _ که بعد از آن عملیات خیبر را در جزیره مجنون داشتیم_ به من داده شد، برای خداحافظی خدمت امام رفتم. در آن دیدار به امام گفتم که من با این سیاست می‌روم که جای مهمی از عراق را بگیریم، تا بتوانیم به طرف پایان جنگ برویم. ایشان لبخند مهربانانه‌ای زدند و جوابی ندادند.»
هاشمی از عملیات خیبر به بعد به فرماندهان می‌گفت عملیات موفقی توسط فرماندهان اجرا شود، سپس خود با اقدامات سیاسی به جنگ پایان خواهد داد. سیدیحیی صفوی در این‌باره می‌گوید: «آقای هاشمی فرماندهان را جمع کرد و گفت: شما باید این عملیات را انجام بدهید، دیگر به شما کاری نداریم. این صحبت را آقای هاشمی نه تنها در سال 62، بلکه در سال 63 و 64 هم به فرماندهان ارتش می‌گفت. ایشان می‌گفت: شما این عملیات را با موفقیت انجام دهید و دیگر به خانه‌هایتان بروید؛ ما جنگ را به روش سیاسی تمام می‌کنیم.»
شعار هاشمی «جنگ جنگ تا یک پیروزی» و شعار امام خمینی «جنگ جنگ تا رفع فتنه» بود. محمد درودیان این دو شعار را کف و سقف استراتژی ایران دانسته است و می‌گوید: «به نظرم یک سقف و کفی شکل گرفته بود که کف آن این بود که ما یک جایی را بگیریم تا جنگ تمام شود و سقف آن هم این بود که اگر بشود صدام را ساقط کنیم. من معتقدم این سقف و کف با هم قابل انطباق بود به این معنی که اگر ما یک منطقه‌ای را می‌گرفتیم که اهمیت استراتژیک داشت، بعد از آن ادامه جنگ برای صدام و حامیانش امکان‌پذیر نبود و عملاً به سقوط رژیم بعث عراق منجر می‌شد.»
او همچنین عنوان می‌کند: «اساساً دیدگاه آقای هاشمی ناظر به این بود که جنگ معطوف به اهداف سیاسی است و این تفکر درمورد جنگ مختص آقای هاشمی بود... اینکه آقای هاشمی از کجا به این استراتژی که «زمینی را بگیریم و جنگ را تمام کنیم» رسیده بود، شاید بتوان گفت یکی از دلایلش این بود که آقای هاشمی از قبل از انقلاب یعنی از زمانی که در زندان به سر می‌برد، تحت تأثیر شخصیت امیرکبیر بود. بنابراین، دیدگاهی این شکلی داشته که اصلاً هدف از انقلاب اسلامی توسعه اقتصادی و رشد کشور است.»
محسن رضایی می‌گوید: «اگر به آقای هاشمی بگویید وقتی که عملیات فاو را کردیم، پس چرا جنگ را تمام نکردید؟ می‌گوید: باید شما تا ام القصر می‌آمدید. تا ام‌القصر که دیگر یک عملیات نیست، یک مجموعه عملیات است؛ یعنی می‌شود همین حرفی که ما می‌زدیم.» فرماندهان سپاه معتقد بودند که باید مجموعه عملیات‌هایی برای پایان دادن به جنگ اجرا و مقدمات سقوط صدام فراهم شود، اما هاشمی پشتیبانی دولت از مجموعه عملیات‌ها را ناممکن می‌دانست.
در نهایت با اجرای عملیات کربلای 5 در سال 65، امکانی فراهم شد تا جنگ از طریق سیاسی تمام شود. قطعنامه 598 پس از عملیات کربلای 5 اجرا شد. پس از صدور قطعنامه در سال 66 هاشمی نقش مهم و بی‌نظیری در پذیرش قطعنامه ایفا کرد. هاشمی به امام پیشنهاد داد تا خودش مسئولیت پذیرش قبول قطعنامه را قبول کند، اما امام قطعنامه را پذیرفتند و از آن به مانند نوشیدن جام زهر تعبیر کردند. امام البته در پیام پذیرش قطعنامه 598 نوشتند: «تاکید می‌کنم که گمان نکنید که من در جریان کار جنگ و مسئولان آن نیستم. مسئولین مورد اعتماد من می‌باشند. آن‌ها را از این تصمیمی که گرفته‌اند شماتت نکنید، که برای آنان نیز چنین پیشنهادی سخت و ناگوار بوده است.»
