روز گذشته یعنی بیست‌وچهارم تیرماه سالروز ولادت رهبر معظم انقلاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای بود، رهبری که روزی مبارز و زندانی سیاسی بود، روزی در جبهه‌های حق علیه باطل می جنگید، روزی رئیس‌جمهور شد و حالا هم رهبر یک ملت است. رهبر معظم انقلاب حضرت آیت الله سید على خامنه اى فرزند مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در ۱۳۱۸ شمسی برابر ۱۳۵۸ قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشودند.
ایشان دومین پسر خانواده هستند. زندگى سید جواد خامنه اى مانند بیشتر روحانیون و مدرسّان علوم دینى، بسیار ساده بود. همسر و فرزندانش نیز معناى عمیق قناعت و ساده زیستى را از او یاد گرفته بودند و با آن خو داشتند.
آیت الله خامنه اى که از هجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند، در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درس هاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند، ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.
آیت الله خامنه اى از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگانی، چون مرحوم آیت الله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى و علامه طباطبائى استفاده کردند. در سال ۱۳۴۳، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند.
آیت الله خامنه اى به گفته خویش «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى (ره) هستند» امـّا نخستین جرقـّه هاى سیاسى و مبارزاتى و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نوّاب صفوى» در ذهن ایشان زده است، هنگامی که نوّاب صفوى با عدّه اى از فدائیان اسلام در سال ۳۱ به مشهد رفته در مدرسه سلیمان خان، سخنرانى پر هیجان و بیدار کننده اى در موضوع احیاى اسلام و حاکمیت احکام الهى، و فریب و نیرنگ شاه و انگلیسى و دروغگویى آنان به ملـّت ایران، ایراد کردند.
آیت الله خامنه اى آن روز از طـّلاب جوان مدرسه سلیمان خان بودند، به شدّت تحت تأثیر سخنان آتشین نوّاب واقع شدند. ایشان مى گویند: «همان وقت جرقه هاى انگیزش انقلاب اسلامى به وسیله نوّاب صفوى در من به وجود آمده و هیچ شکى ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد».
پایگاه اطلاع‌رسانی رهبر انقلاب می نویسد: با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
آیت الله خامنه اى پس از پیروزى انقلاب اسلامى نیز همچنان پرشور و پرتلاش به فعالیّت هاى ارزشمند اسلامى و در جهت نزدیک تر شدن به اهداف انقلاب اسلامى پرداختند که همه در نوع خود و در زمان خود بى نظیر و بسیار مهّم بودند.
در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافتند. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروه های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشته و در آن نشریه منتشر کردند.
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی (ره) در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیست ها در محیط دانشگاهی تعیین کردند.
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سال های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده‌ی جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود؛ اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کردند. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌بردند.
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شدند. در سال‌های پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود.
آیت‌الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شدند. امام خمینی (ره)، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان ایشان را محکوم کردند و از ایشان تجلیل نمودند. بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دیدند. گزارش های غیر رسمی مسبب این حادثه را سازمان منافقین دانسته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بودند که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شدند.
ایشان از نخستین روز جنگ در میدان مبارزه حاضر بودند و در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کردند. پشتیبانی و تأمین نیاز‌های تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد. از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشتند، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آن‌ها نقش بسیاری ایفا نمودند. از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود.
به فرمان امام خمینی (ره) در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شدند و آیت‌الله خامنه‌ای که بر اساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده ایشان در این شورا و نیز سخنگوی آن بودند. در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بودند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در عملیات شکستن حصر آبادان حضور مستقیم داشتند و در مورد خرمشهر نیز معتقد بودند که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشتند و هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد.
ایشان دومین پسر خانواده هستند. زندگى سید جواد خامنه اى مانند بیشتر روحانیون و مدرسّان علوم دینى، بسیار ساده بود. همسر و فرزندانش نیز معناى عمیق قناعت و ساده زیستى را از او یاد گرفته بودند و با آن خو داشتند.
آیت الله خامنه اى که از هجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند، در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درس هاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند، ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.
آیت الله خامنه اى از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگانی، چون مرحوم آیت الله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى و علامه طباطبائى استفاده کردند. در سال ۱۳۴۳، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند.
آیت الله خامنه اى به گفته خویش «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى (ره) هستند» امـّا نخستین جرقـّه هاى سیاسى و مبارزاتى و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نوّاب صفوى» در ذهن ایشان زده است، هنگامی که نوّاب صفوى با عدّه اى از فدائیان اسلام در سال ۳۱ به مشهد رفته در مدرسه سلیمان خان، سخنرانى پر هیجان و بیدار کننده اى در موضوع احیاى اسلام و حاکمیت احکام الهى، و فریب و نیرنگ شاه و انگلیسى و دروغگویى آنان به ملـّت ایران، ایراد کردند.
آیت الله خامنه اى آن روز از طـّلاب جوان مدرسه سلیمان خان بودند، به شدّت تحت تأثیر سخنان آتشین نوّاب واقع شدند. ایشان مى گویند: «همان وقت جرقه هاى انگیزش انقلاب اسلامى به وسیله نوّاب صفوى در من به وجود آمده و هیچ شکى ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد».
پایگاه اطلاع‌رسانی رهبر انقلاب می نویسد: با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
آیت الله خامنه اى پس از پیروزى انقلاب اسلامى نیز همچنان پرشور و پرتلاش به فعالیّت هاى ارزشمند اسلامى و در جهت نزدیک تر شدن به اهداف انقلاب اسلامى پرداختند که همه در نوع خود و در زمان خود بى نظیر و بسیار مهّم بودند.
در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافتند. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروه های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشته و در آن نشریه منتشر کردند.
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی (ره) در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیست ها در محیط دانشگاهی تعیین کردند.
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سال های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده‌ی جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود؛ اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کردند. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌بردند.
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شدند. در سال‌های پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود.
آیت‌الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شدند. امام خمینی (ره)، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان ایشان را محکوم کردند و از ایشان تجلیل نمودند. بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دیدند. گزارش های غیر رسمی مسبب این حادثه را سازمان منافقین دانسته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بودند که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شدند.
ایشان از نخستین روز جنگ در میدان مبارزه حاضر بودند و در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کردند. پشتیبانی و تأمین نیاز‌های تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد. از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشتند، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آن‌ها نقش بسیاری ایفا نمودند. از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود.
به فرمان امام خمینی (ره) در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شدند و آیت‌الله خامنه‌ای که بر اساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده ایشان در این شورا و نیز سخنگوی آن بودند. در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بودند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در عملیات شکستن حصر آبادان حضور مستقیم داشتند و در مورد خرمشهر نیز معتقد بودند که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشتند و هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد.
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران؛ جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی (ره) نیز بر آن صحه گذاشت.
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌ساله‌ی ریاست جمهوری خود، همچون سال های پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بودند. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی (ره) مأموریت هایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند. در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کردند. در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره‌ی حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمودند. در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحه‌ی تعریزات کردند. امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای‌عالی قضائی دعوت کند تا در جلسه‌ی سران سه‌قوه شرکت کرده و طرح های خود را در زمینه‌ی تقسیم کار برای اداره‌ی بهتر آن شورا مطرح نمایند. در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه‌ی سران سه‌قوه موافقت نمودند. در ۱۹ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقی های مقیم ایران کردند.
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، در حالی که مردم و مسئولان آماده‌ی تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی (ره) بودند در جلسه‌ای با حضور مسؤولان کشوری و لشکری، آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس جمهور، وصیت‌نامه‌ی سیاسی ـ الهی امام خمینی (ره) را قرائت کردند. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد.
برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی (ره) مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تأیید کردند.
همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم. پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر بر اساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظم‌له رأی‌گیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظم‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند.
