به گزارش صراط، 24 مهر 1359 در پی عبور دشمن از کارون و افزایش خطر سقوط خرمشهر، «محمد جهان‌آرا» فرمانده سپاه خرمشهر طی تماس تلفنی، وضعیت را برای بنیصدر رئیس جمهور وقت توضیح می دهد. بنیصدر نیز وعده رسیدن کمک تا فردا را می‌دهد. انتظار یک روزه به پایان می رسد و هیچ نشانی از کمک ها نمی رسد. بعدها مشخص می شود که بنی صدر دستور داده هیچ سلاحی در اختیار نیروهای مردمی نگذارند. این چنین هم بود که همان ایام فرمانده سپاه خوزستان پس از کارشکنی‌ها در امر کمک‌رسانی برای نجات خرمشهر و آبادان از سقوط، در نامه‌ای تاریخی روز 3 آبان 1359 می‌نویسد: «به داد ما برسید، این چه سازمان رسمی شناخته شده‌ای است که اسلحه‌ی انفرادی ندارد؟![...] فریادهای پاسداران از فقدان امکانات بر ما زمین و زمان را تنگ کرده[...] از 150 پاسدار خرمشهر تنها 30 نفر باقی‌مانده. بگویم که ما می‌توانیم با 30 خمپاره خونین شهر را برای 30 ماه نگه داریم و امروز 30 تفنگ نداریم و حال آن که سازمان‌های غیررسمی با امکانات فراوان بر ما آن می‌رانند که باید برانند. واقعیت این است که ارتش امروز ما نمی‌تواند بدون وجود سپاه پاسداران و برعکس کوچک‌ترین تحرکی داشته باشد.»
"این رویکرد منفی ابوالحسن بنی صدر در مقابل نیروهای مردمی دقیقا در مقابل رویکرد امام خمینی (ره) به این نهاد بود که فرموده بودند «نهاد مقدس سپاه پاسداران انقلاب اسلامي‌ما، به حق از بزرگترين سنگرهاي دفاع از ارزشهاي الهي نظام ما بوده و خواهد بود».
ابوالحسن بنی صدر که به گفته فرماندهان سپاه در دوران جنگ گفته بود حتی یک پوکه هم به سپاه ندهند، در مصاحبه های مختلف هم به تخریب و اتهام علیه سپاه پرداخت. او چندی پیش در گفت وگو با رادیو فرانسه مدعی شد که سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در کار قاچاق و توزیع مواد مخدر است!
در واقع هجمه و اتهام به سپاه که از سال 88 به بعد شدت و حدت گرفته است چیزی جدیدی نیست. در دورانی که سپاه ضابط قضایی برای دستگیری ملی- مذهبی ها شده بود برخی برخی اتهامات به این نهاد انقلابی وارد آمد. در همان مقطع بود که عده ای ماجرای اسکله های غیرمجاز تحت اختیار سپاه را پیش کشیدند.
در مجلس ششم نمایندگانی مثل حسین لقمانیان نماینده مردم همدان که بنا به نطق تندی هم که ایراد کرد روانه زندان شد، اتهام دخالت سپاه در قاچاق کالا را مطرح کردند. بعدها مهدی کروبی رئیس مجلس ششم هم مدعی وجود برخی اسکله های غیرمجاز وابسته به نهادهای امنیتی شد تا آنکه در سال 90 وقتی سپاه مأمور دستگيري و بازجويي از افراد منتسب به جریان انحرافی در حوزه مناطق آزاد و رمال‌ها شد بار دیگر این نهاد مورد هجمه های تکراری قرار گرفت و بحث قاچاق کالا توسط سپاه پیش کشیده شد. تا آنکه سردار سرلشگر محمد علی جعفری به موضوع ورود کرد و در پاسخ به این پرسش که برخی‌ها می‌گویند سپاه دارای اسکله‌هایی است که فعالیت تجاری انجام می‌دهد، گفت: این بحثی انحرافی است که توسط افرادی که به نظر ما، ذینفع هستند، مطرح می‌شود. وی افزود: این افراد با مطرح کردن چنین بحثهایی، قصد دارند توجه دولت و دستگاه‌های دیگر را از جایی که قاچاق اصلی کالا اتفاق می‌افتد، منحرف کنند.
در جریان حوادث پس از انتخابات 88، که سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، از عملیات های نیروهای برانداز را خنثی کرد و کنترل اوضاع را در دست گرفت هجمه ها علیه سپاه شدت گرفت.
مجلس شورای اسلامی اساسنامه سپاه را در تاريخ 15/6/61 در 49 ماده و 16 تبصره بـه تـصـويـب رسـانـد از مهمترین وظایف این نهاد براساس اساسنامه ای که مجلس به تصویب رسانده است مبارزه قانوني با عوامل و جريان هايي كه در صدد خرابكاري ، براندازي جمهوري اسلامي و يا اقدام عليه انقلاب مي باشند و مـبـارزه قـانوني با عواملي كه با توسل به قوه قهريه در صدد نفي حاكميت قوانين جمهوري اسلامي باشند. طبیعی است که در جریان این مبارزات، سپاه دشمنان زیادی را در مقابل خود ببیند و هجمه های زیادی را تحمل کند.
امام خمینی درباره این نهاد انقلابی می فرمایند که من تا آخر پشتيبان ارتش وسپاه و بسيج خواهم بود و تضعيف آنان را حرام مي‌دانم.
