این اصل قانونی که پیش از این نیز در پیش‌نویس قبلی قانون اساسی وجود داشت و در بازنویسی سال 1368 تنها با تغییرات اندکی مواجه شد اصلی است که بر طبق آن رئیس‌جمهور می‌تواند معاونین خود را انتخاب کند.
تعداد معاونین در دولت‌های مختلف ،بر حسب وظایفی که برعهده روسای جمهور قرار داشته و شخص رئیس‌جمهور نسبت به واگذاری آن اقدام کرده متفاوت بوده است و گاه معاونتی در یک دوره زمانی مشخص تعیین و بعد منحل شده است.
*معاونتی که به دو قسمت مساوی تقسیم شد
در دولت نهم و دهم نیز تغییرات گاه وسیعی در تعداد و وظایف معاونت‌ها صورت گرفته است. شاید پرسر و صداترین تغییرات از این دست انحلال سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی بود که رئیس آن معاون رئیس‌جمهور محسوب می‌شد.
بر طبق مصوبه شورای اداری مورخ تیر ماه سال 1386 سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی منحل و وظایف آن بین دو معاونت جدید برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی و معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی تقسیم شد.
همچنین برخی از وظایف این سازمان به استانداری‌ها محول شد تا بر اساس نیازهای بومی خود تصمیم‌گیری کنند. با وجود گذشت چندین سال از انحلال این سازمان همچنان کشمکش‌ها و اظهار‌نظر‌های گوناگون درباره این تغییرات ادامه دارد و موافقان ایجاد دوباره این سازمان از ضرورت تشکیل مجدد آن سخن می‌گویند و مخالفان آن با اشاره به ضرورت غیرمتمرکز کردن اختصاص بودجه و جلوگیری از فسادهای مالی همچنان از انحلال آن طرفداری می‌کنند، اما با این حال به نظر نمی‌رسد که تا پایان دولت دهم شاهد تشکیل دوباره این معاونت باشیم.
*از معاونت به وزارتخانه
در میان این تغییرات گاه برخی از معاونت‌ها تبدیل به وزارتخانه شده‌اند که نمونه معروف چنین تغییری تشکیل وزارت ورزش و جوانان است.
قربانی اصلی این تحول، دو معاون رئیس‌جمهور یعنی رئیس سازمان ملی جوانان و رئیس سازمان تربیت بدنی بودند که با ادغام این دو معاونت وزارت جدیدی به نام وزارت ورزش و جوانان تشکیل شد.
سازمان ملی جوانان در حقیقت جانشین شورای ملی جوانان محسوب می شد که بعدها در دولت خاتمی تبدیل به یک سازمان مستقل برای تصمیم گیری در امور جوانان شد و سازمان ورزش نیز از قدیمی ترین سازمان های کشور بود که با قانون مجلس شورای اسلامی هر دو معاونت ادغام و به یک سازمان جدید تبدیل شدند.
*تداخل کاری با وزارتخانه های مسئول، یک مانع قانونی
گاه معاونت‌های رئیس‌جمهور میزبان وزرایی بودند که به هر دلیل سِمت خود را از دست داده‌اند و یا رای لازم را برای رسیدن به منصب وزارت، از مجلس شورای اسلامی دریافت نکرده‌اند.
«علی سعید‌لو» زمانی برای تصدی وزارت نفت معرفی شده بود و بعد از اینکه مجلس شورای اسلامی به وی رای اعتماد نداد به صندلی معاونت اجرایی رئیس‌جمهور تکیه زد. معاونتی که پیش از آن در دولت خاتمی منحل شده بود اما در دولت نهم بار دیگر احیا شد و وظیفه ساماندهی سفرهای استانی و پیگیری اجرای پروژه‌ها مهم به آن سپرده شد.
هم‌اکنون نیز حمید بقایی ریاست این معاونت را برعهده دارد گرچه در حال حاضر که قطار سفرهای استانی نیز متوقف شده، وظایف این معاونت نیز سبک‌تر شده است.
*معاونتی برای یک نفر
عبدالرضا شیخ‌الاسلامی وزیر معزول دیگری است که معاونت اجتماعی رئیس‌جمهور برای حضور وی در کابینه تشکیل شد.
در همان زمان مخالفت‌هایی با تشکیل این معاونت جدید انجام شد و برخی از نمایندگان تشکیل چنین معاونتی را موازی با وظایف وزارت رفاه و تامین اجتماعی عنوان کردند، چنین مخالفت‌هایی پیش از این نیز مسبوق به سابقه بوده و زمانی که علی سعید‌لو در سمت معاون امور بین‌الملل رئیس‌جمهور تعیین شد برخی آن را موازی‌کاری با وظایف وزارت امور خارجه عنوان کردند اما در همان زمان سعید‌لو اصلی‌ترین وظیفه خود را برگزاری اجلاس سران غیرمتعهد‌ها و آماده کردن تاسیسات مرتبط با آن عنوان کرد و پس از اجلاس سران غیرمتعهد‌ها نیز سعید‌لو پیگیری امور ویژه اقتصادی این جنبش را دستور کار جدید معاونت امور بین الملل رییس جمهور عنوان کرد.
*همه چیز قانونی است
با این حال برخی صاحب نظران تشکیل برخی معاونت های جدید را با دستور رییس جمهور ، خلاف قانون ارزیابی کرده و محدودیت هایی برای آن قائل می شوند، اما در مقابل مسئولان دولتی نظر دیگری دارند.
فاطمه بداغی معاون حقوقی رئیس‌جمهور در این باره می‌گوید که تنها شرط موجود برای ایجاد معاونت‌های جدید توسط ریاست جمهوری عدم اختلال وظایف آنها با وزارتخانه‌های موجود است.
نکته‌ای که وی بر آن تاکید داشت این بود که چنین مواردی به درستی در تعریف وظایف جدید این معاونت‌ها در نظر گرفته شده است و هیچ موازی‌کاری‌ای در میان نیست.
در متن قانونی نیز هیچ نکته‌ای در خصوص تعداد معاونت‌های جدید توسط رئیس‌جمهور ذکر نشده است.
*منطقه ممنوعه، وارد نشوید
برخی از معاونت های رییس جمهور نیز علی رغم تغییرات وسیع در این قسمت از نهاد ریاست جمهوری، کوچکترین تغییری در جایگاه خود نداشته و هم چنان با قدرت به کار خود ادامه می دهند.
یکی از معدود نمونه های این چنینی، رییس سازمان انرژی اتمی است که معاون رییس جمهور محسوب می شود و البته از زمان تشکیل آن و تحت نظر قرار گرفتن زیر نظر رییس جمهور کوچکتریت تغییری در آن روی نداده است.
شاید مهم ترین دلیل چنین مسئله ای کار تخصصی این سازمان بوده است که سبب شده هیچ گاه ملاحظات سیاسی در انتخاب یا تغییر جایگاه آن دخیل نباشد و معاونت آن بر اساس تجربه و شایستگی های مرتبط در این خصوص انتخاب شود.
*حیاط خلوت رییس جمهور
باید قبول کرد که معاونین رییس جمهور صرف نظر از وظایف شخصی، همواره به نوعی وظیفه گرداندن آنچه که از سوی رییس جمهور به آنان محول شده است دارند و به نوعی حیاط خلوت شخص رییس جمهور محسوب می شود.
گرچه برخی محدودیت های قانونی نیز ممکن است ، در تشکیل و یا انحلال معاونت های قبلی دخیل باشد که مهم ترین آن عدم تداخل با وظایف قانونی وزارتخانه های فعال است، اما در صورت رعایت این موارد انتصاب معاونین جدید و حتی تشکیل و یا ادغام آن ها از حقوق اصلی رییس جمهور محسوب می شود.
