برای تصدی مسولیت ریاست سازمان اوقاف و امور خیریه گزینه‌هایی همچون حجت‌الاسلام موسی‌پور و مداح هم مطرح هستند، ولی مباحثی هم مطرح است مبنی بر این‌که حجت‌الاسلام والمسلمین محمدی رییس فعلی این سازمان نظر وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی را برای ابقاء در مسوولیت فعلی جلب خواهد کرد.
علی جنتی وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در مراسم افتتاحیه نخستین کنگره بین‌المللی امامزادگان با تمجید از عملکرد این سازمان در زمینه موقوفات و بقاع متبرکه، گفت: سازمان اوقاف در دوره مدیریت حجت‌الاسلام محمدی دچار تحول شد.
وی همچنین در دیداری با حجت‌الاسلام محمدی در حاشیه این کنگره « استفاده از فناوری‌های نوین در امور جاری سازمان اوقاف و سروسامان دادن به موقوفات و بقاع متبرکه را در دوره مدیریت اخیر قابل تحسین دانست» و به لحاظ برنامه‌ای کردن فعالیت‌های سازمان اوقاف و راه‌ندازی سامانه جامع موقوفات و مدیریت اطلاعات بقاع متبرکه قدردانی کرد.
اعلام این اظهارنظر از سوی عالی‌ترین مقام وزارتخانه ارشاد به گمانه‌زنی‌ها برای ابقای رییس فعلی سازمان اوقاف و امورخیریه از میان گزینه‌های احتمالی منجر شده است.
رییس سازمان اوقاف و امور خیریه از طرف ولی فقیه تعیین و نماینده ولی فقیه در این سازمان نیز محسوب می‌شود.
رییس کنونی این سازمان حجت‌الاسلام علی محمدی است که از آبان ماه سال ۱۳۸۸، این مسوولیت را بر عهده دارد.
سازمان اوقاف و امور خیریه نهاد اداره کننده موقوفات در ایران است. قلمرو فعالیت این سازمان شامل «موقوفات عام فاقد متولی یا مجهول‌التولیه و موقوفات خاصه و اماکن مذهبی اسلامی و همچنین اثلاث باقیه و بقعه‌های متبرکه، محبوسات، نذور، صدقات و هر مال دیگری که به غیر از عنوان وقف برای امور عام‌المنفعه و خیریه اختصاص یافته و مؤسسات و انجمن‌های خیریه‌ای که از طرف دولت یا سایر مراجع ذیصلاح به سازمان محول شده باشد.» است.
