حضرت آیت الله خامنه‌ای در این دیدار با ابراز خرسندی از رونق علوم عقلی در حوزه‌های علمیه پس از انقلاب اسلامی، نقادی و نوآوری را موجب ترویج و اعتلاء این شاخه از علوم برشمردند و افزودند: از خصوصیات برجسته مرحوم آقاعلی زنوزی همین روحیه نقادی و بیان حرف نو در علوم عقلی است و این‌گونه بزرگداشت‌ها صرفاً بزرگداشت یک شخص نیست بلکه در واقع تکریم و ترویج یک جریان فکری و اندیشه‌ورزی است.
ایشان با یاد کردن از برخی بزرگان فلسفه و تأکید بر لزوم شناساندن شخصیت و آراء آنان به جامعه علمی، اهمیت تدوین خلاصه‌ای قابل‌فهم از نظرات فلسفی و عمیق این بزرگان را یادآور شدند و گفتند: دعوت جوانان به علوم عقلی و توجه حوزه‌های علمیه به علوم عقلی و بویژه فلسفه بسیار مهم است.
رهبر انقلاب اسلامی افزودند: حذف فلسفه از حوزه علمیه قم موجب خواهد شد افرادی سطحی و کم‌عمق، متصدی تبیین و تدریس این علم شوند، بنابراین فلسفه باید در حوزه علمیه قم و همچنین حوزه علمیه تهران که روزگاری مرکز فلسفه بوده است، رواج پیدا کند.
ایشان همچنین از مدرسان فلسفه و مجمع عالی حکمت اسلامی و حضرات آیات جوادی‌آملی، سبحانی و مصباح‌یزدی که هدایت و نظارت بر این مجمع را برعهده دارند، تقدیر و تشکر کردند.
