کمبود ویتامین B۱ در بدن برای مدت طولانی منجر به مرگ نورون‌ها و سایر سلول‌ها می‌شود و عملکرد نواحی مختلف مغز از جمله هیپوکامپ، ساختاری که مسئول تشکیل خاطرات جدید است، به خطر می‌افتد.
مغز به انرژی تولیدشده توسط ویتامین B۱ نیاز دارد تا فکر کردن و به خاطر سپردن را برای فرد آسان کند. کمبود شدید این ویتامین منجر به سندرم ورنیکه–کورساکوف (Wernicke-Korsakoff) یا نقص در حافظه کوتاه‌مدت می‌شود. این اختلال بر سلامت مغز تأثیر می‌گذارد و علائمی مشابه بیماری آلزایمر ایجاد می‌کند.
افرادی که دچار سوءمصرف الکل هستند، بیشتر در معرض خطر قرار دارند؛ زیرا مصرف طولانی مدت الکل در توانایی بدن برای جذب ویتامین‌ها اختلال ایجاد می‌کند. هم‌چنین افرادی که جراحی بای‌پس معده انجام داده‌اند نیز در معرض خطر این سندرم هستند.
مطالعات غیرانسانی نشان می‌دهد که سطوح پایین ویتامین B۱ می‌تواند منجر به تجمع پروتئین در مغز شود. این پروتئین‌ها، پلاک‌ها و گره‌هایی را تشکیل می‌دهند که باعث مرگ سلول‌های مغز می‌شود. همین اتفاقات همزمان با پیشرفت بیماری آلزایمر رخ می‌دهد، از همین رو محققان در حال بررسی این موضوع هستند که آیا افزایش مصرف ویتامین B۱ ممکن است به پیشگیری یا کُند کردن این دو بیماری مغزی کمک کند یا خیر.
